La carrera de Ingeniería Matemática es la cristalización natural de años de formación de especialistas en matemática en la UTE y en la U. de Santiago. Sus orígenes se encuentran en el programa de Licenciatura Académica Matemática (LAM), creado en 1967 con el propósito de actualizar y enriquecer la formación en matemáticas a los profesores universitarios de la época. En 1971, el LAM se transformó en un programa de magister en matemática.

En 1979 el programa de magister en matemática es dividido en dos programas distintos: el magister en ciencia en la especialidad de matemáticas y el master en educación matemática. A su vez, y para establecer una línea completa de estudios en matemáticas en pre y posgrado, se crea el programa de Licenciatura en Matemática como un grado académico de 9 semestres de estudios más tesis.

Ya para 1992, comienza a madurar la idea de otorgar un título profesional enfocado específicamente a un enriquecimiento de las posibilidades de formación otorgada por la Licenciatura Matemática. Es así como el año 1994, y dentro del Departamento de Matemática y Ciencia de la Computaciónse formaron dos comisiones: una que desarrollaba el proceso del establecimiento de un programa de  Doctorado en Ciencias   y otra que velaba por la creación de una Ingeniería Matemática. La idea central de esta última era mantener la formación de un perfil matemático –creado en 1967 y continuado en 1979–, pero al mismo tiempo dar opciones profesionales fomentando instancias multidisciplinarias que marcaran la diferencia respecto al resto de las universidades chilenas.

Luego de diversas gestiones, la carrera de Ingeniería Matemática se institucionaliza durante el año2001 para recibir sus primeros alumnos el año 2002. La carrera se acredita el10 de Enero de 2017 por 5 años.